Core Facilities München
Proteomics Facility
Die Core Facility Proteomics am DKTK Standort München verfügt über sieben moderne Massenspektrometer, mehrere Flüssigchromatographiesysteme und leistungsstarke IT Infrastruktur.
Die von der Facility unterstützten Anwendungen beinhalten quantitative Proteinexpressionprofile von humanen und tierischen Geweben, Tumoren, Zelllinien und Körperflüssigkeiten sowie die dynamische Analyse von post-translationalen Proteinmodifikationen, Proteininteraktionen, Identifizierung von Wirkstofftargets, des Wirkmechanismus von Medikamenten und viele weitere. Wir können sowohl breite als auch zielgerichtete qualitative und quantitative Analysen anbieten, die auf multidimensionaler Chromatographie in Verbindung mit Orbitraptechnologie basieren. Alle wichtigen Quantifizierungsmethoden sind in der Facility etabliert, inklusive SILAC, TMT und eine Reihe von Label-freien Techniken. Wir arbeiten typischerweise auf der Basis wissenschaftlicher Kooperationen bei denen wir unsere Expertise entlang des gesamten Projektes einbringen: vom experimentellen Design, über die Durchführung bis hin zur bioinformatischen Auswertung.
Prof. Dr. Bernhard Küster
Chair of Proteomics and Bioanalytics
Technische Universität München
85354 Freising
IBioTUM-Tissue
Die Gewebebank des Klinikums rechts der Isar und der Technischen Universität München lagert seit 1989 systematisch frisches, unfixiertes Tumorgewebe und entsprechendes nicht-neoplastisches Gewebe ein. Die Gewebebank beherbergt derzeit eine umfangreiche Gewebesammlung sowohl von bösartigem Tumorgewebe und nicht-neoplastischem Gewebe als auch von gutartigen Tumoren oder Tumorvorstufen.
Die Gewebebank bietet eine breite Palette von Dienstleistungen an, darunter:
- Langfristige Lagerung von Proben in speziellen Einrichtungen bei -80°C, -20°C und in der Gasphase von flüssigem Stickstoff.
- Beratung und Unterstützung bei der Auswahl von Methoden und Patientenkollektiven.
- Anfertigung von Gewebeschnitten aus Kryoproben und formalinfixierten Blockpräparaten.
- Histologische H&E-Diagnostik.
- Planung und Herstellung von Tissue Microarrays (TMAs).
- Führung einer umfassenden und sicheren Datenbank sowie Bereitstellung detaillierter Informationen über die Proben und die Verarbeitungshistorie.
- Scannen von Objektträgern.
- Immunhistochemie.
Die Gewebebank arbeitet mit anderen Institutionen und Abteilungen zusammen, wie z.B. dem Routinelabor des Instituts für Pathologie und Pathologische Anatomie der TU München, sowie mit der Comparative Experimental Pathology (CeP) und ist aktiv an Netzwerken wie dem German Biobank Node (GBN) und dem europäischen Biobank-Netzwerk BBMRI-ERIC beteiligt. Durch diese Aktivitäten trägt die Gewebebank zur Weiterentwicklung und Qualitätssicherung des Biobankings in Deutschland und Europa bei
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PD Dr. med. vet. Katja Steiger
Klinikum rechts der Isar, Institut für Allgemeine Pathologie und Pathologische Anatomie
81675 München
Xenograft Mausmodelle in der akuten Leukämie
Folgende Techniken werden in der Serviceeinrichtung durchgeführt:
- Xenotransplantation und Amplifikation primärer Leukämiezellen von Patient:innen mit ALL oder AML in NSG-Mäuse und Generierung sogenannter PDX-Zellen (engl.: “patient derived xenografted cells”)
- Biobank von > 50 PDX-ALL und > 10 PDX-AML Proben für in vitro und in vivo-Analysen
- Genetische Modifikation von PDX-Zellen (GEPDX) für Überexpression von Transgenen und Markern
- Präklinische in vivo Therapieversuche, mithilfe von repetitiver Bildgebung
- Quantifizierung des Therapieansprechens bereits vier Tage nach der ersten Behandlung
- Darstellung sämtlicher klinisch relevanter Krankheitsstadien (u.a. minimale Resterkrankung)
- Analyse klinisch relevanter Subpopulationen, wie z.B. ruhende (Stamm-)Zellen
Mehr Informationen zur Xenograft Core Facility München
Prof. Dr. Irmela Jeremias
Dr. von Haunersches Kinderspital
Klinikum der Universität München Helmholtz Zentrum München
81377 München
Leukämie Genomik
Die genetische Charakterisierung ist ein zentraler Baustein für die Diagnostik, für die Wahl der Behandlung und für die Prognose bei Patient:innen mit Leukämie. In enger Zusammenarbeit mit Partner im DKTK und am Standort in München unterstützt die Leukämie Genomik DKTK-Wissenschaftler:innen, die Biologie und Pathogenese der Leukämie zu untersuchen.
Ziel ist es, innovative Techniken zur Diagnose der Krankheit Leukämie zu entwickeln. An der Medizinischen Klinik und Poliklinik III der Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) bietet die enge Abstimmung zwischen den klinischen und translationalen Forschungsgruppen eine ideale Grundlage dafür. Hier kann auf eine große Anzahl von ausführlich dokumentierten Patientenproben zugreifen, welche durch das Routine-Labor erfasst wird (Labor für Leukämiediagnostik).
Die Core Facility kann die folgende Leistungen für DKTK-assoziierte Gruppen anbieten:
Genetische Charakterisierung von humanen Gewebeproben (vor allem peripherem Blut und Knochenmark) mittels folgender Methoden (z.T. in Kooperation):
- Metaphasebestimmung und molekulare Cytogenetik - Konventionelle Molekulargenetik (Sanger-Sequenzierung, Fragmentanalyse und qPCR, verschiedene Assays zur Bestimmung rekurrenter Mutationen in hämatopoietschen Neoplasien)
- 'Targeted next-generation sequencing' (etablierte Panels mit häufig vorkommenden mutierten Genen in myeloischen und lymphoiden Neoplasien)
- Gesamt-Exom und Gesamt-Genom-Sequenzierungen - Einzel-Zell-Genotypisierung
Unser Fokus liegt auf den folgenden Gebieten:
- Genetische Charakterisierung von myeloischen Neoplasien
- Evaluation von neuen Markern zur Prognose von Leukämie-Erkrankungen
- Neue therapeutische Ziele in Leukämien
- Identifizierung von Markern für minimale Resterkrankungen (MRD / Minimal Residual Disease)
- Erforschen der klonalen Evolution der Leukämie
Mitarbeiter: Prof. Dr. Karsten Spiekermann, PD Dr. Klaus Metzeler, PD Dr. Tobias Herold, PD
Dr. Philipp Greif, Dr. Sebastian Vosberg, Sebastian Tschuri
Prof. Dr. Karsten Spiekermann
Klinikum der Universität München
Medizinische Klinik und Poliklinik III
81377 München
Immunanalytik
Die Core Facility Immunanalytik am DKTK Standort München hat eine ausgewiesene Expertise in der Identifizierung und Charakterisierung von tumor-spezifischen T-Zell-Immunantworten udn bietet Unterstützung bei einer Vielzahl umfangreicher tumor-immunologischer Untersuchungen an.
Das von der Core Facilitiy unterstütze Leistungsspektrum umfassts die Organisation von Tumor-Frischmaterial aus dem OP sowie Blutabnahmen von den Stationen und Ambulanzen, die Aufarbeitung des Blutes und Plasma, Verdau des Gewebes zur Gewinnung von Einzelzellsuspensionen, die Phänotypisierung der Blutleukozyten und Zellen der Tumormikroumgebung mittels durchflusszytometrischer Messung mithilfe von verschiedenen etablierten Panels einschließlich anschließender Auswertung, die Kultivierung und Expansion von Tumor-inflitrierenden Lymphozyten (TIL), die Idendifizierung von tumorantigenen, die Immunpräzipitation von MHC-Klasse I und II-Peptidkomplexen sowie Peptidelutionen zur Vorbereitung der massenspektrometrischen Messungen im Rahmen von immunopeptidomischen Analysen, die Isolation und den genetischen Transfer von TCRs, Tumor-Zell-Kultivierung, Etablierung von EBV-transformierten B-Zell-Linien, Sortierung einzelner Zellpopulationen des Tumor-Microenvironment via FACS, Vorbereitung von mRNA Sequenzierungen der sortierten Zellpopulationen und Einzelzellusupensionen, Etablierung xenogener Mausmodelle, Immunoimaging, klinische Korrelationen, Unterstützung und Beratung bei der Vorbereitung der klinischen Translation von immuntherapeutischen Ansätzen. Üblicherweise erfolgt die Zusammenarbei im Rahmen von wissenschafltichen Kooperationen.
Prof. Dr. Angela Krackhardt
Klinikum rechts der Isar
III. Medizinischen Klinik
81675 München
Genomtechnologie und Informatik
Die Genomforschung ist eine wichtige Triebkraft für Entdeckungen in der Biowissenschaft, hier kommt die Sequenzierung der nächsten Generation und andere genomische Technologien zum Einsatz. Die Erstellung von Genom-, Epigenom- oder Transkriptom-Profilen in Organismen, Geweben oder einzelnen Zellen ist zum Standard geworden.
Gleichzeitig verändert eine rasch wachsende Zahl von Sequenzierungsanwendungen die Art und Weise, wie wir in den Biowissenschaften Grundlagenforschung betreiben, wobei auf Hochdurchsatzsequenzierung basierende Methoden die klassischen, auf "Gen für Gen" basierenden experimentellen Ansätze ergänzen - und in vielen Fällen vollständig ersetzen.
Die Genomic Technology hat sich zum Ziel gesetzt, den steigenden Bedarf an Sequenzierungsanwendungen und analytischen Fähigkeiten in der biomedizinischen Forschung zu decken. Wir entwickeln genomische Werkzeuge und Protokolle, implementieren neue Sequenzierungsanwendungen sowie bioinformatische Methoden und Pipelines in verschiedenen Forschungsbereichen, darunter Genomik, Epigenetik, (Epi-)Transkriptomik und funktionelle Genomik. Wir decken ein breites Spektrum von Anwendungen ab, das von der sequenzierungsbasierten Profilierung von Genomen, Chromatin oder Transkriptomen über genetische Screening-Methoden im Genom-Maßstab bis hin zu zahlreichen individualisierten Sequenzierungs- und Bioinformatik-Anfragen reicht.
Prof. Dr. Roland Rad
Klinikum rechts der Isar
II. Medizinischen Klinik
81675 München
Real-Time Cell Metabolic Analysis // Seahorse // Agilent
Der Seahorse XF HS Mini Analyzer (Agilent Biotechnologies) misst die mitochondriale Atmung (Sauerstoffverbrauchtsrate OCR) und Glykolyse (extrazelluläre Acidifizierung ECAR) von lebenden Zellen (kultivierten Zellen und ex vivo Proben) in einer 8-Well-Platte in Echtzeit. OCR und ECAR sind SChlüsselindikatoren der oxidativen Phosphorylierung und Glykolyse. Das Geräte erlaubt zudem die Zugabe von Substanzen und kann daher auch Aussage über deren Utilisierung treffen.
Kontakt
PD Dr. med. Matthias Ilmer
LMU Klinikum
+49 89 4400 71218
matthias.ilmer@med.uni-muenchen.de
Prof. Dr. Alexandr Bazhin
LMU Klinikum
+49 89 4400 73440
alexandr.bazhin@med.uni-muenchen.de
Standort Gerät
LMU Klinikum, Campus Großhadern
Labor für Experimentelle Forschung Chirurgie
Kosten
auf Anfrage
Radiochemistry Synthesizer // All-In-One // Trasis
Der Synthesizer vereint in einem Instrument einen vollautomatischen Synthesizer inkl. HPLC zur komplexen Produktaufreinigung mit anschließender Reformulierung, welche die Implementierung einfacher und komplexester Radiochemie ermöglicht. Wenn der Bedarf an komplexeren Tracern besteht, kann der Synthesizer auf Grund seiner modularen Bauweise zu einem erweiterten Modell konfiguriert werden.
Kontakt
Dr. Franz J. Gildehaus
089 4400 69944
franz.gildehaus@med.uni-muenchen.de
Prof. Dr. Peter Bartenstein
089 4400 74611
peter.bartenstein@med.uni-muenchen.de
Standort Gerät
LMU Klinikum, Campus Großhadern, Radiopharmazie-Centrum, Gebäude BT028, Marchioninistrasse 15, 81377 München
Kosten
Bei dem Synthesemodul ist eine Probe gleichzusetzen mit einem Syntheselauf. Die Kosten dafür sind sehr unterschiedlich, je nachdem wie komplex die durchzuführende chemische Synthese ist, wie teuer die Ausgangskomponenten und wie die GMP-Anforderungen definiert sind. Normalerweise liegen die Kosten/Synthese in einer Größenordnung zwischen 800€ und 2600€.
Service
Produktion von 18F-markierten Verbindungen für die in vivo-Bildgebung mittels PET. Dies umfasst u.a.:
- Radiofluorierung von kleinen Molekülen, Peptiden und Biomolekülen
- Erarbeitung von Markierungsstrategien
- Automatisierung der Radiosynthese
- GMP-gerechte Umsetzung
Cell Imaging Multi-Mode Reader // Cytation 1 // Biotek
Der Cytation™ 1 Cell Imaging Multi-Mode Reader kombiniert Fluoreszenz- und kontrastreiche Hellfeld-Bildgebung mit konventioneller Multimodeerkennung. Dieses Design liefert sowohl quantitative phänotypische zelluläre Informationen als auch quantitative Daten aus dem entsprechenden Medium. Das multimodale Detektionsmodul beinhaltet eine hochempfindliche, filterbasierte Fluoreszenz und ein Monochromatorsystem für die UV-Vis-Absorption. Für Langzeitmessungen ist das Gerät in der Lage, Temperatur, CO2 und O2 zu regeln. Das Gerät ist außerdem mit einem Injektor ausgestattet, der es ermöglicht, sofortige Zellreaktionen zu erfassen.
Kontakt
Prof. Dr. Sebastian Theurich
Medizinische Klinik III, LMU Klinikum
Marchioninistr. 25, 81377 München
sebastian.theurich@med.uni-muenchen.de
Prof. Dr. Michael von Bergwelt
Medizinische Klinik III, LMU Klinikum
Marchioninistr. 25, 81377 München
michael.bergwelt@med.uni-muenchen.de
Standort Gerät
Genzentrum LMU
AG Theurich / AG Bergwelt
Feodor-Lynen-Str. 25, 81377 München
Kosten
auf Anfrage
Digital Single Molecule Quantification // nCounter Sprint // NanoString Technologies
Durch die nCounter Technologie ist eine direkte Quantifizierung von bis zu 800 Targets in einer Einzeluntersuchung ohne vorherige Amplifikation möglich. Hier können mRNA, miRNA, lncRNA, dsDNA und ssDNA (pre-designed oder customized; ggf. multiplex) in einer Vielzahl von Proben unterschiedlicher Art (Gewebebiopsien, Blut, Knochenmark, etc.) gemessen werden. Eine Library Preparation oder aufwändiges präanalytisches Processing ist nicht nötig.
Kontakt
Michael Heide
Medizinische Klinik III, ELLF, LMU Klinikum
michael.heide@med.uni-muenchen.de
Prof. Dr. Oliver Weigert
Medizinische Klinik III, ELLF, LMU Klinikum
oliver.weigert@med.uni-muenchen.de
Standort Gerät
Experimentelle Leukämie- und Lymphom-Forschung (ELLF)
Max-Lebsche-Platz 30, 81377 München
Service & Kosten
Technischer Support via AG Weigert
Nutzer trägt Kosten der Verbrauchsmaterialien, derzeit keine Gebühren für Gebrauch
Automated Quantitative Pathology Imaging System // Vectra® Polaris™ // Perkin Elmer
Multispektrale Bildgebung (Imaging System) nach dem Stand der Technik zum Erkennen und Messen mehrerer Biomarker innerhalb eines einzelnen Gewebes.
Kontakt
Prof. Dr. Martina Rudelius
martina.rudelius@med.uni-muenchen.de
+49-89-2180-73706
Standort des Gerätes
Institut für Pathologie der LMU München, Campus Innenstadt
Thalkirchner Str. 36, 80337 München
Service & Kosten
Ausgangsmaterial: FFPE-Gewebeschnitte gefärbt mit bis zu 6 etablierten Antigenen oder mittels OPAL-Färbung
Kosten: Preis auf Anfrage
Biolumineszenz-Tomograph // MuriGlo // Xstrahl
MuriGlo ist ein optisches in-vivo-Bildgebungssystem zur Biolumineszenz-Tomographie. Es kann als Stand-alone-Bildgebungsmodalität oder in Kombination mit der vorhandenen Conebeam-CT-Plattform zur Darstellung von Lumineszenz-Phänomenen in Kleintieren (v.a. Mäusen) genutzt werden.
Kontakt
Prof. Dr. Kirsten Lauber
Molekulare Onkologie, Klinik und Poliklinik für Strahlentherapie und Radioonkologie
+49-89-4400-76740
kirsten.lauber@med.uni-muenchen.de
Standort des Gerätes
LMU Klinikum, Campus Großhadern
Tierstall der Klinik für Strahlentherapie
Service & Kosten
Ausgangsmaterial: Biolumineszenz-fähige Kleintiermodelle
Service: Biolumineszenz-Tomographie-Untersuchungen (+/- Conebeam-CT-Scans), Hilfestellung bei der Vorbereitung von Tierversuchsanträgen
Kosten: Preis auf Anfrage; eine Probe entspricht einem Biolumineszenz-Tomographie-Scans eines Tieres
Präklinischer CT-Scanner // X-Cube // Molecubes
Der X-Cube ist ein Hochdurchsatz-Röntgen CT-Scanner für präklinische Maus- und Rattenmodelle. Die sehr schnelle CT-Bildgebung erzeugt Bilder des gesamten Tierkörpers bei jedoch geringem Dosis-Einsatz und einem exzellenten Kontrast im Weichgewebe. Erweiterte Arbeitsabläufe mit verstärktem dynamischen Bildkontrast (gated) können so in einem funktionalem und integriertem Aufbau erreicht werden.
Kontakt
Dr. Ivonne Regel
+49-89-4400-73178
ivonne.regel@med.uni-muenchen.de
Prof. Dr. Sybille Ziegler
+49-89-4400-77619
sybille.ziegler@med.uni-muenchen.de
Standort des Gerätes
LMU Klinikum, Campus Großhadern
Labor für Präklinische Bildgebung
Service & Kosten
Ausgangsmaterial: Kleintiermodelle (Mäuse oder Ratten) mit genehmigten Gesundheitsnachweis
Kosten: Preis auf Anfrage